De basis voor CENERGIE werd gelegd rond 1995 met een diversifiëring van de onderzoeks- en adviesactiviteiten van de vzw Studiecentrum Technologie, Energie, Milieu (STEM). Dit is een spin-off van de Universiteit Antwerpen, gespecialiseerd in praktische oplossingen inzake energiegebruik en energiebeheer op basis van energie-audits in gebouwen en beleidsondersteunend werk.

In 1997 werd vanuit vzw STEM gekozen om een aparte cvba op te richten om de energiegebonden audit- en adviesactiviteiten professioneel te organiseren en te commercialiseren. Zo ontstond CENERGIE cvba op 1 juli 1997.

Tijdens haar eerste operationele jaren concentreerde CENERGIE zich op energiezorg- activiteiten. Dit zijn audits en adviezen voor een verhoging van de energie-efficiëntie van gebouwen.

Later breidde CENERGIE deze activiteiten uit naar een volledig uitgebouwde energiezorgaanpak. Daarbij worden de energie-audits en -adviezen aangevuld met implementatiebegeleiding en opvolging via energieboekhouding.

In recentere jaren is CENERGIE zich bijkomend gaan specialiseren in het energetisch ontwerpen en simuleren voor “duurzaam bouwen” van nieuwbouw en renovaties van gebouwen en installaties. CENERGIE is op dit vlak de pionier geweest in België. CENERGIE heeft het allereerste energetisch ontwerp voor een passief gebouw gerealiseerd.