La fondation de Cenergie date de 1995 par la diversification du centre de recherche de l’asbl “Studiecentrum Technologie, Energie, Milieu (STEM)”. Ce spin-off de l’université d’Anvers était spécialisé dans les solutions pratiques de l’emploi et la gestion de l’énergie sur base d’audits énergétiques et de de conseils aux autorités publiques.

En 1997 STEM décida de créer une coopérative séparée pour organiser de façon professionnelle les activités de conseils et d’audit. Ainsi Cenergie vit le jour le 1ier juillet 1997.

Les premières années opérationnelles Cenergie se concentrait sur les soins énergétiques : audits et conseils pour augmenter l’efficacité énergétique de bâtiments existants.

Après quelques années Cenergie a élargit ces activités vers des services globaux où les audits énergétiques étaient suivis de conseils d’implémentation et de suivi par comptabilité énergétique.

Début des années 2000, Cenergie s’est aussi spécialisé dans la conception énergétique et les simulations de bâtiments et installations durables neufs ou en rénovation lourde. Cenergie a été le pionnier Belge dans ce domaine. Cenergie a entre autre importé le concept passif en Belgique.